5月17日的《细胞》（Cell）杂志上,发表来自芝加哥大学、加州大学圣地亚哥分校路德维希癌症研究所和埃默里大学的科学家们DNA的“第六种碱基”被揭示出来，遗传学家们就面对着一个相似的问题。构成DNA的其中一种碱基胞嘧啶的两种修饰看起来几乎相同，然而却意味着不同的事物。而科学家们却尚未获得一种途径来逐个逐个碱基读取DNA，protocol详细检测这些修饰在特异组织或细胞类型中的位置。
实验室管理研究小组利用这一技术对来自人类和小鼠胚胎干细胞的DNA中的5-甲基胞嘧啶(5-mC)和5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)进行了定位，揭示了关于它们分布模式的新信息。研究表明这些DNA修饰在诸如细胞分化、癌症和脑功能等基本生命过程中发挥了重要的作用。几十年来科学家们一直在致力研究5-mC的模式，是表观遗传学领域的一个重要部分。然而数年前protocol研究人员还只知道5-hmC以显著的水平存在于我们DNA中。科学家们常常在关闭的基因上发现5-mC，它帮助沉默了不应该被开启的基因。与之相反，5-hmC似乎富集在活跃的基因上，尤其是脑细胞中。此外，可将5-mC转换为 5-hmC的Tet酶如果发生缺陷则可以驱动白血病形成，表明5-hmC改变在癌症中起重要作用。
新论文描述了一种可用于直接检测5-hmC的称之为TAB-Seq的新方法，并呈献了第一张单碱基分辨率的5-hmC全基因组图谱。何川和他的三名学生设想和开发了这项技术，当前正在对他们的这项发明申请专利；芝加哥大学和位于芝加哥的Wisegene合作正进一步开发这项技术。
来自加州大学圣地亚哥分校路德维希癌症研究所的任兵（Bing Ren，生物通音译）实验室将TAB-Seq应用到了人类胚胎干细胞，而埃默里大学的金鹏（Peng Jin，生物通音译）研究小组则将这一方法应用到了小鼠胚胎干细胞中。“利用这种新技术我们知道了这种修饰在基因组中称为增强子的区域最为丰富。hmC的这种潜在的调控作用或可解释其在胚胎干细胞中的重要性，以及为何它的破坏有可能导致白血病发生，”任兵实验室博士后实验室管理研究人员Gary Hon说。Gary Hon负责对人类胚胎干细胞中的5hmC进行了全基因组分析。
与5-mC的另一个区别是5-hmC通常只存在于DNA的一侧。与之相反，5-mC通常呈对称分布。总体上说，5-hmC的丰度相比5-mC要少大约14倍。研究小组利用这项新技术发现甚至在5-hmC最为丰富的位点，仍然只有5-mC频率的五分之一。
关键词：DNA 干细胞 基因组图谱 protocol 实验室管理