近期Nature杂志,与PLoS的几份期刊公布了第一份人类机体中广义微生物群体的基因组汇编数据,来自多国多个研究机构的超过200名科研人员报道了他们的五年研究成果。(实验室管理)
人类微生物组计划
所谓微生物组是指在人体上发现的所有不同的微生物的总和,通过全面了解这些微生物,我们能更多的了解某些人类的疾病。
Science杂志于2010年公布了首份人类微生物组计划研究报告,这个报告提及了研究人员对头178个与人类宿主有关的细菌基因组序列的最初的分析。这些结果给未来的分析工作提供了一个重要的基线,而且这项研究也提出了在自然环境中的微生物进行大规模基因组测序的标准化方法,研究人员目标之一是为至少900种人体寄居的细菌制作出参照基因组序列。(实验室管理)
在最新公布的成果中,研究人员分析了242个健康美国志愿者基因组,包括129位男性和113位女性,这些样品来自男性的15个机体部位,以及女性的18个机体部位(包括阴道三个位置),研究人员从每个志愿者的口,鼻,皮肤(耳后皮肤两处,以及肘部),肠道(粪便)收集了三个样品,进行分析。这样他们纯化了超过5000个样品的包括人体和微生物的DNA,并利用计算机对这万亿碱基对基因组数据进行分类,从中寻找微生物特有的遗传信号——细菌核糖体(16S rRNA)中的可变基因,细菌核糖体RNA是蛋白制造工厂的组成单位。
研究新技术
这项研究的另外一个重点在于其采用的新技术,哈佛大学公共卫生系院的研究人员发表了Nature Methods的文章,报道了一种新型的计算机方法,能用于筛选这些微生物群体,从中根据DNA测序得到的数据,找到了特殊的遗传标记。(实验室管理)